除一般意義上的農業文化和技術知識以外，農業文化遺產還包括歷史悠久、結構合理的傳統農業景觀和農業生產系統。與一般意義上的自然或文化遺產保護與利用不同，農業文化遺產保護的是一類典型的社會—經濟—自然復合生態系統，更能體現出自然與文化的綜合作用。比如數千年的農耕文化歷史，加上不同地區自然與人文的巨大差異，形成的種類繁多、特色明顯、經濟與生態價值高度統一的農業文化遺產系統，如都江堰水利工程、坎兒井、砂石田、間作套種、淤地壩、桑基魚塘、梯田耕作、農林復合、稻魚共生等，就是中國古代哲學的整體性觀念、“天人合一”學說、“相生相克”學說等在傳統農業中的體現和應用，它們為現代生態農業的發展奠定了基礎，成為國際可持續農業運動中的一個重要方面。

但是，隨著經濟的發展和現代技術的應用，這些農業文化遺產也面臨著嚴峻的挑戰。一提農業文化遺產，很多人就自然地聯系到傳統農業，并自然地與目前所倡導的“現代農業”對立起來。這種觀點即使不算是錯誤，至少也是狹隘的。大量的研究和實踐均表明：傳統農業不僅對于保護生物多樣性與農村生態環境、彰顯農業的多功能特征、傳承民族文化、保障食品安全等具有重要意義，而且對于目前所倡導的“生態農業”、“循環農業”也可以提供思想上和方法上的有益借鑒。